تبدأ مرحلة التنفيذ في الحصول على الموافقة على الخطة والبدء بالتطبيق من خلال تطوير خارطة إستراتيجية وخطة تشغيلية وهذه تعتبر من أكبر التحديات التي تواجه الجامعة والقدرة على تنفيذ الخطة الإستراتيجية.